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16S/ITS分型
來源：萬物生物 發(fā)布時(shí)間：2021-11-02
16S /ITS菌種鑒定
通過DNA 測(cè)序?qū)ξ⑸镞M(jìn)行物種鑒定（菌種鑒定）是比傳統(tǒng)生化鑒定更先進(jìn)的鑒定方法。DNA 測(cè)序不依賴菌種本身特點(diǎn)，對(duì)所有菌種均可使用。比傳統(tǒng)生化鑒定更加快速，準(zhǔn)確。萬物生物提供的微生物物種鑒定服務(wù)包括細(xì)菌16s rDNA鑒定和真菌26s rDNA鑒定、真菌ITS和真菌18s 鑒定。
提供樣品
基因組DNA：濃度≥ 10 ng/μl，總體積≥ 20 μl，革蘭氏陽性細(xì)菌由于細(xì)胞壁較厚，最好提供基因組DNA；
帶有單菌落的平板或斜面：應(yīng)長(zhǎng)有至少分離三次以上的單菌落。
交付報(bào)告
PCR 產(chǎn)物照片；
菌種鑒定NCBI 參考結(jié)果；
測(cè)序彩色波形圖；
測(cè)序方向圖；
序列堿基圖。
16S DNA測(cè)序技術(shù)服務(wù)
技術(shù)原理
16S rDNA為編碼原核生物核糖體小亞基rRNA的DNA序列，具有10個(gè)保守區(qū)和9個(gè)高變區(qū)，其中保守區(qū)在細(xì)菌間差異不大，高變區(qū)具有屬或種的特異性，隨親緣關(guān)系不同而存在差異。16S rDNA擴(kuò)增子測(cè)序，通常是選擇1-2個(gè)高變區(qū)，利用保守區(qū)設(shè)計(jì)通用引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增，再對(duì)高變區(qū)進(jìn)行測(cè)序分析和菌種鑒定。16S rDNA擴(kuò)增子測(cè)序技術(shù)是研究環(huán)境樣品中微生物群落結(jié)構(gòu)組成、挖掘樣品之間差異的重要手段。
16S rDNA結(jié)構(gòu)示意圖
16S rDNA常用引物
實(shí)驗(yàn)路線
為提高數(shù)據(jù)的利用效率，擴(kuò)增子通常進(jìn)行混樣建庫(kù)，為此需要在上下游引物的5’端加6-8個(gè)堿基的barcode序列，用于區(qū)分不同的樣品；PCR產(chǎn)物檢測(cè)合格后，等質(zhì)量混合到一起，構(gòu)建PCR-free文庫(kù)并上機(jī)測(cè)序。
技術(shù)路線
樣本要求
注：擴(kuò)增子測(cè)序結(jié)果的準(zhǔn)確性受DNA質(zhì)量影響較大，所以前期樣本采集的過程一定要保證快速和低溫環(huán)境，提取過程也要確保DNA的完整性和提取量。
實(shí)驗(yàn)周期
樣本質(zhì)檢合格后，22個(gè)工作日。
【一站式整體科研服務(wù)，成就更高水平的科研成果】
標(biāo)書基金實(shí)驗(yàn)咨詢 表觀遺傳組學(xué)分析
課題實(shí)驗(yàn)結(jié)題指導(dǎo) 細(xì)胞分子功能驗(yàn)證
實(shí)驗(yàn)培訓(xùn)文章潤(rùn)色 動(dòng)物模型裸鼠成瘤
臨床檢測(cè)科研轉(zhuǎn)化 病理染色分子互作